Uprawnienia kontrolne w zakresie wydatkowania środków zakładowego funduszu rehabilitacji zostały przyznane, na mocy art. 33 ust. 6 ustawa z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych (Dz. U. z 2008 r. Nr 14, poz. 92, z późn. zm.), właściwym terenowo urzędom skarbowym.
W przypadku nieprawidłowego przeznaczenia środków zfron, pracodawca jest zobowiązany do dokonania zwrotu 100% kwoty nieprawidłowo wydatkowanych środków na fundusz rehabilitacji oraz wpłaty 30% tych środków na PFRON w terminie do 20 dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym nastąpiło ujawnienie nieprawidłowego przeznaczenia środków zfron. Pracodawca jest obciążony tą sankcją również wówczas, gdy nie dotrzyma terminu wpłaty środków zfron na konto tego funduszu.
Uprawnienia kontrolne w zakresie wydatkowania środków zakładowego funduszu rehabilitacji osób niepełnosprawnych ma również Najwyższa Izba Kontroli, która może kontrolować działalność jednostek organizacyjnych i podmiotów gospodarczych (przedsiębiorców) w zakresie, w jakim wykorzystują one majątek lub środki państwowe lub komunalne oraz wywiązują się ze zobowiązań finansowych na rzecz państwa, w szczególności w zakresie w jakim udzielają lub korzystają z pomocy publicznej podlegającej monitorowaniu, w rozumieniu odrębnych przepisów (zgodnie z art. 2 ust. 3 pkt 5a ustawy z dnia 23 grudnia 1994 r. o Najwyższej Izbie Kontroli (t. j. Dz. U. z 2007 r. Nr 231, poz. 1701, z późn. zm.).